永歷十二年（1658年），清軍三路大軍入攻云南，云貴淪陷。永歷十三年（1659年），朱由榔在李定國的保護下，由昆明撤到永昌（云南保山縣），又由永昌退到騰越（云南騰沖縣），由騰越逃到緬甸境內，被緬甸王莽達收留。
后吳三桂攻入緬甸，莽達之弟莽白乘機發動政變，除掉其兄后繼位。1661年8月12日，莽白發動咒水之難，誅盡永歷帝侍從近衛。
到1662年1月22日，莽白將永歷帝獻給吳三桂，明朝皇統徹底滅亡。
吳三桂見到朱由榔時的心態是十分復雜的。出于現階段的立場，已是滿臣的他不得不限制永歷帝的人身自由；出于前朝的隆恩，他又給了朱由榔最好的照料。所以，這個南明末帝穿著得體的服裝，端坐在禁室里，仍保留著體面。
回想起兩人的會晤，吳三桂不由得一陣面紅耳赤，他又想起永歷帝對他的那一番大義凜然的譴責。吳三桂縱橫半生，何嘗在誰人面前表現得如此低三下四？就算是韃子皇帝，也沒有讓吳三桂感受到如朱由榔一般的威懾力。
所以，從這以后吳三桂每次都打發人去觀察朱由榔的情況，自己則決計不會再踏入禁室半步了。
南朝戶部尚書龔彝籌措了豐盛的ㄐ丨ㄡˇ宴，想要奉獻給朱由榔。誰知，守門的士兵不近人情，他們嚴詞拒絕了龔彝。龔彝大聲說道：「我是大明的臣子，想要見大明的天子，有何不可？更何況即便是蠻夷也要講究君臣之道，我求見天子你們憑什麼阻撓？」一番話，說得士兵灰溜溜地跑去見吳三桂，向他請示該怎麼辦。
吳三桂心中滿懷對前朝的愧疚，所以他并沒有為難龔彝，準許他進入禁室會見朱由榔。龔彝恭恭敬敬地將碗碟擺好，然后對著南明天子行三跪九叩之禮，親自為他倒滿ㄐ丨ㄡˇ杯。原本，朱由榔不喜歡喝ㄐ丨ㄡˇ，但此情此景令人傷懷，于是他便在龔彝的期待下滿飲三杯。
突然間，龔彝站起身來，用盡全身力量將腦袋撞向柱子。一聲巨響，龔彝頭破ㄒ丨ㄝˇ流，倒在地上一命嗚呼。朱由榔做夢都沒想到，自己的臣子中竟還有如此忠心耿耿之士。他緘默了好久，終于忍不住悲痛的情緒，趴在愛卿的尸身上痛哭流涕。
永歷帝和他的母后、皇后均已身陷囹圄，成了吳三桂的俘虜。這兩個生命中最重要的女人是否安好，朱由榔不得而知。在度日如年的幽禁生活中，朱由榔只剩無盡的絕望。
后來這件發生在云南的謀反案，讓吳三桂徹底下定了除掉朱由榔的決心。
當時留守在云南的滿人軍官里，有個甲喇章京（官職名）想要靠朱由榔的身份建功立業。他與一些滿人聯合到一起，計劃將朱由榔劫走，然后帶著他前往陜西，憑借朱由榔的聲威招兵買馬。
沒有什麼比扶持落魄君主更大的功勞了，這幾個滿人想要通過這種辦法投機取巧，成為朱由榔政權的復國元勛。不過，幫助朱由榔復辟這種事從滿人嘴里說出，顯然有些滑稽。沒過多久，便有人走露了風聲，以至于，舉事的甲喇章京和十個參與者全部落到吳三桂的手里。
之后，吳三桂毫不含糊，直接將這十一人處以極刑。
顯然，像這種想憑借南明皇帝特殊身份牟利的家伙大有人在。于是，吳三桂請奏朝廷，稱倘若按照原定計劃將朱由榔押送到京城，一路上肯定有反清的逆賊劫囚。為了防止夜長夢多，不如將其就地正法。
在得到了批準之后，吳三桂便在同年4月14日，將朱由榔及其家眷共計二十五人帶到了篦子坡，打算將這最后一批前朝宗室處以極刑。6月1日，朱由榔遭吳國貴用弓弦勒歿后，其身亡之處被改名為了「ㄅ丨歿坡」。
在押解的過程中，還發生了這樣一件事。
朱由榔的夫人，也就是南明王皇后，她覺得自己是母儀天下之人，不該以這樣的方式歿去。
不甘心的她，與馬太后互相鼓勵，相約以身殉國，婆媳二人相互掐住對方的喉嚨，竟硬生生地將對方扼歿了！這種悲壯的歿法，連老天都為之動容。在她們離世的那一瞬間，天上突然掉下雨點，轉而演變成瓢潑驟雨。
時至今日，在提到南明皇帝朱由榔時，人們仍為他的境遇感到惋惜。永歷朝并不是一個成功的政權，它和弘光、隆武等南明政權一樣，都有著各種各樣的時弊，且朝中官員大多腐敗。
不過，永歷皇帝朱由榔的品德和作風均為人稱道，他是一個務實的皇帝，反對驕奢淫逸之風，生平極少飲ㄐ丨ㄡˇ，也不喜歡沉浸于聲色。
朱由榔最大的興趣，就是與朝臣共同探討史上的忠義典故。很少有皇帝像朱由榔這樣，對母親奉行孝道，對夫人忠貞不二。
這樣一位皇帝，若能活在大明王朝的其他時期，一定會開創和平盛世。
然而，時代限制了他的出身，給了他不可能完成的任務，所以自永歷帝登基的那一刻起，他的結局就已注定了。
